鱼菜共生系统主要的型式包括：深水栽培系统 (Deep water culture，简称 DWC)、薄膜栽培 (Nutrient Film Technique，简称 NFT)、潮汐栽培 (Flood and Drain，简称 FAD)。薄膜栽培设置费用较高，且水体营养盐控制技术较高，相对其他鱼菜共生系统而言门坎较高。因此本文仅就 DWC 及 FAD 系统进行说明。

( 一 ) 深水栽培系统 (DWC)

包括养殖桶、生化过滤槽、栽培植床以及水、空气帮浦，如图 2 所示。系统中水流方向为养殖桶→生化过滤槽→栽培槽→抽水马达→回流至养殖桶。养殖桶主要是提供鱼类生长的场所，在高密度的养殖环境下必须适度打气提高溶氧量以防鱼只死亡。生化过滤槽内填充生化球、毛刷等材料供硝化菌栖息繁衍，以将水中的氨转换成植物可利用的硝酸离子。栽培植床以一般水耕栽培的方式将作物定植于浮板上，作物吸收水中的营养盐而生长，而净化后的水回流至养殖桶，水的循环利用大幅提高用水的效率。

图 2. 深水栽培系统

( 二 ) 潮汐型 (FAD)

包括养殖桶、过滤系统、栽培槽以及水、空气帮浦，如图 3 所示。FAD 的特性是栽培槽内填充介质，一方面可供作物根系发展，另一方面亦扮演菌床的功能供硝化菌栖息繁衍及进行硝化反应。藉由虹吸立管及钟形管开口高度，可设定最高及最低水位。透过虹吸装置可使栽培槽内的水位自动呈潮汐式的升降，因此栽培槽内的水能完全在系统内循环，不会有滞留的情形。在高水位的状态，槽内介质大部分会淹浸在水中，能提供作物根系水份，也能提供硝化反应所需的氨给硝化菌。在低水位状态，空气会进入介质的空隙间，能提供空气给作物根系。潮汐式水位控制可确保植物的根圈有足够的营养盐和空气，也能使介质保持湿润，并让硝化菌繁衍。潮汐型系统通常以每小时 1~2 次的频率进行运作。

图 3. 潮汐型系统

如果是大型的鱼菜农场，小农爸爸是建议使用深水栽培系统的，因为规模化使用潮汐型的，需要大量的介质，需要考虑承重和虹吸装置（高低差）等问题，比较复杂，并且如果种植深根作物，收获后需要翻耙介质，较为麻烦。