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芽孢杆菌是一种属于需氧芽孢菌种的非致病菌，多数为腐生菌。在水产养殖中应用的种类主要是枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌（是枯草芽孢杆菌的亚种）、地衣芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌和东洋芽孢杆菌等。它与其他微生态制剂的不同之处是，芽孢杆菌产品是以休眠状态的芽孢形态存在，稳定性好，抗逆性强，具有耐酸、耐碱、耐高温（枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌的芽孢能在120～140℃时存活几小时）、耐挤压等优点。在加工制粒过程中以及在动物酸性胃环境中均能保持高度的稳定性。据资料，饵料加工后存活率达95%，烘干后存活率达93%。芽孢一旦形成，便能耐受各种不利环境如干热、湿热、紫外线、氧化等。因此保存时间长，常温下可达一年以上。芽孢随饵料进入肠道后，能够在肠道内迅速复活，且成活率高，几乎可达100%。

芽孢杆菌在水产养殖中应用具有以下诸多的作用：

1.分解有机物、氨氮、亚硝酸盐，改良底质和水质。芽孢杆菌具有强力分解有机物的能力，能分泌胞外酶分解水体和池底淤泥中的残饵、粪便等有机物，并可转化成藻类能利用的有机物。

2.抑制病原菌，提高防病力。芽孢杆菌在水体菌群中一旦占据优势地位后，可以通过与有害菌的营养竞争来抑制其生长、繁殖。芽孢杆菌能分泌类似抗生素的多肽类物质（如枯草杆菌素），直接或间接地抑制有害病原菌，从而提高水产动物的抗病力。

3.产生多种营养物质和多种酶，促进生长、提高饵料利用率。芽孢杆菌在水产动物肠道内生长繁殖时，能产生多种营养物质，如维生素、氨基酸、有机酸和促长因子，参与水产动物机体新陈代谢，为机体提供多种营养物质。芽孢杆菌还能产生具有较强活性的蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶，从而提高饵料利用率，降低饵料系数，促进水产动物生长。